代谢组是连接基因组学等其他组学与作物抗病表型的桥梁，通过分析不同品质农作物间代谢物差异。新的杀菌剂开发主要来自于抗病植物的次生代谢产物，目前，这种来源于植物的杀菌活性物质已经成为开发植物源杀菌剂的重要前体，是化学合成农药的替代物。